* Phân loại theo nguồn gốc: Dựa vào nguồn gốc, cây trồng có thể được chia làm ba nhóm là nhóm cây ôn đới, nhóm cây nhiệt đới và nhóm cây á nhiệt đới.
- Nhóm cây ôn đới là những loại cây trồng có nguồn gốc từ những vùng có khí hậu ôn đới, chúng thường được trồng ở nơi có thời tiết mùa đông lạnh, mùa hè mát.
- Nhóm cây nhiệt đới là những loại cây trồng có nguồn gốc từ những vùng có khí hậu nhiệt đới, vì vậy chúng không thể thích nghi và sinh trưởng ở điều kiện khí hậu lạnh hay băng giá.
- Nhóm cây á nhiệt đới là những cây về cơ bản có thể sinh trưởng, phát triển trong các điều kiện khí hậu giống với cây nhiệt đới. Tuy nhiên, để cây á nhiệt đới có thể ra hoa, kết quả cần có điều kiện nhiệt độ lạnh nhất định.
* Phân loại theo đặc tính sinh học: Cây trồng có thể được chia thành nhiều nhóm khác nhau như cây hàng năm và cây lâu năm, cây thân thảo và cây thân gỗ, cây một lá mầm và cây hai lá mầm…
* Phân loại theo mục đích sử dụng: Cây trồng có thể chia thành rất nhiều loại cây như cây lương thực, cây ăn quả, cây rau, cây dược liệu, cây lấy gỗ, cây hoa…